首要原則是確保實驗室建設在嚴格、完善的安全措施下進行。從設計上就要注重實驗室的通風、燃氣等安全設施，確保實驗過程中人員和設備的安全。具體可采用多種方式，比如在實驗室內設置紫外線燈，從而有效殺死微生物細胞。

將實驗室建設與自然環境相結合，通過設計提高實驗室的能源效率，減少能源消耗。首先實驗室內采用模塊化設計，根據實驗室使用，靈活對模塊進行組裝，大大降低能源浪費。其次，實驗室內的照明要采用高效節能的燈具。

從實驗室建設初期，將排放問題作為重要環節考慮，實驗室排放物質需要滿足國家法規相關要求，減少對環境的污染。設計上采用傳統的罩式通風將排氣致空氣過濾后再排出，減少廢氣對環境的影響，另外在實驗中會回收實驗中產生的可再利用的化學試劑以達到減輕對環境的影響。

在實驗室建設及裝修過程中應盡量選用符合環保標準的材料，如分析儀器的電路板、工作臺、櫥柜等可以采用符合E1級環保要求的板材。地面等所用的建材都要選擇符合環保要求的材料，嚴格限制有害物質的使用。同時，從實驗室使用上看，實驗室設備無論是進行新建設還是進行舊設備更換單位，應優先選用節能、環保、安全、先進的設備來更新。